La guerre est officiellement déclarée le 1er septembre 1939. Le Père Jacques est mobilisé à l’Est. Le maréchal des logis-chef Bunel rejoint la 21ème batterie de repérage à Bazailles puis à Remenoncourt.
Face au désœuvrement des soldats et à l’étrange guerre qu’ils vivent, il crée le journal « Central Écoute ». Il célèbre la messe de Noël et continue son apostolat auprès des soldats. Il semble avoir été très apprécié par tous durant ces mois difficiles.
Il ne délaisse pas pour autant son rôle d’éducateur, ni n’abandonne ses pensionnaires : la revue du Petit-Collège, « En Famille », continue d’être publiée sous le nom de « En famille quand même ».
Fait prisonnier à Lunéville en juin 1940, il rentre à Avon en novembre 1940.
De retour à Avon, le Petit Collège rouvre ses portes dès janvier 1941 avec une quinzaine d’élèves. La rentrée d’octobre 1941 relance complétement l’activité de l’institution : 85 enfants sont présents pour l’inauguration de la nouvelle aile, sans compter les professeurs et les surveillants.
Avoir vécu la drôle de guerre, et être témoin des décisions prises par le gouvernement de Vichy, touche profondément le Père Jacques. Il se refuse d’être le complice d’une telle barbarie.
S’il entre officiellement dans la Résistance en mai 1942 avec l’accord de son provincial, dès son retour du front, il cherche par sa pédagogie à éveiller le sens moral et citoyen des jeunes garçons qui lui sont confiés.
À partir de 1942, et après avoir demandé l’autorisation de son supérieur, le Père Philippe de la Trinité, le Père Jacques s’engage activement dans la Résistance. Pas de combat armé pour un frère carmes, mais des missions de renseignements : la ligne de chemins de fer s’y prête, ainsi que la présence de troupes allemandes dans le pays bellifontain. Il rencontre à des nombreuses reprises, en toute discrétion, Albert Ouzoulias, résistant communiste connu sous le pseudonyme « Colonel André ».
Le directeur du Petit-Collège est donc attaché au réseau Vélite-Thermopyles, réseau résistant s’étendant à tout la France. Le Père Jacques appartient au groupe de Fontainebleau, composé de 55 personnes en mai 1942. Prenant contact avec la mairie d’Avon, dont le maire, Rémy Dumoncel, le secrétaire, Paul Mathéry et d’autres adjoints font partie du réseau, il cache avec leur aide des réfractaires au Service de Travail Obligatoire. Ils prennent, pour un temps, l’identité de surveillants au Petit Collège.
Il accueille Lucien Weil, au Petit-Collège, professeur juif de sciences naturelles enseignant auparavant à l’ancien lycée Carnot (aujourd’hui lycée François 1er). Des témoignages d’enfants attestent de sa présence au Petit-Collège portant l’étoile jaune. On peut donc situer sa présence au moins à partir du juin 1942, le port de l’étoile jaune étant déclaré obligatoire le 7 juin 1942. Il est aussi résistant, et appartient au même réseau que le Père Jacques.
Outre ces renseignements, et ces missions d’accueil de jeunes hommes réfractaires, le Père s’engage à partir de 1943 à une activité plus périlleuse : il va accepter de cacher trois enfants juifs sous de fausses identités comme pensionnaires au Petit Collège. Cette décision n’est pas prise seul : il a l’accord de son provincial. C’est cette action qui inspira le film de Louis Malle, «Au revoir les enfants», le réalisateur étant alors pensionnaire et témoin des événements au Petit Collège.
Des recherches et recueils de témoignages assez récents montrent qu’au moins deux autres enfants juifs ont profité des actions du père Jacques et du réseau résistant avonnais. Mais, nous ne pouvons pas dire avec exactitude combien d’enfants ont transité par le Petit-Collège avant de rejoindre la France Libre. La plupart des historiens s’accorde à dire qu’il y a plus que les trois enfants arrêtés le 15 janvier 1944.
Il semble qu’il continue son travail de résistant jusqu’à son arrestation le 15 janvier 1944.
Le Père Jacques assume parfaitement la dangerosité de cet engagement. Il dit au colonel de Larminat, membre du comité de la libération de Fontainebleau, opérant alors dans la clandestinité : « On me reproche parfois, mon imprudence : on me dit qu’ayant la charge et la responsabilité de ces enfants du Petit-Collège, je n’ai pas le droit de m’exposer à être, un jour, peut-être, arrêté par les Allemands. Mais ne croyez-vous pas que si cela arrivait, et si, par hasard, j’étais fusillé, je léguerais ainsi à mes élèves un exemple qui vaudrait pour eux plus que tous les enseignements que je pourrais leur donner ? ».