Le 3 mai 1945, les SS abandonnent le camp de Mauthausen, et le laisse aux mains des autorités autrichiennes. Le 5 mai 1945, la 11ème division blindée américaine libère le camp.
Le bilan est terrible : sur les 200 000 déportés passés par le système Mauthausen, ce sont environ 120 000 personnes qui y sont décédées. À ce total, il faut ajouter ceux qui décèdent dans les semaines suivantes comme le Père Jacques, ou des suites de cet enfer, tel le pasteur Paul Buchsenschutz, compagnon du Père Jacques, qui met fin à ses jours en avril 1946.
Au moment de la libération du camp, le Père Jacques est très affaibli : il a donné ses rations pour aider les plus faibles que lui. Il ne pèse que 35kg, et a de la fièvre. Un comité international de déportés prend en charge l’administration du camp. Pourtant, à la demande d’Émile Valley, le Père Jacques accepte, malgré son extrême faiblesse, de prendre la tête de la Délégation française. Rapidement la charge est trop lourde pour lui, et il laisse la place à d’autres.
Le 10 mai 1945, en compagnie du Capitaine de Bonneval, le Père Jacques rejoint Linz, mais il refuse la proposition qui lui est faite de regagner la France en avion. Jusqu’au bout, il veut rester avec ses camarades. Il est donc transféré au camp français, le long du Danube.
Le 20 mai 1945, peu après la fête de la Pentecôte, il est conduit à l’hôpital Sainte-Elisabeth de Linz. Il est logé en sa qualité de prêtre, dans une chambre d’hôte du couvent, le meilleur logement disponible. Le 2 juin, après avoir murmuré péniblement le nom d’Avon, le Père Jacques prononce ces dernières paroles : « Pour les derniers instants qu’on me laisse seul. ». Il meurt sereinement, laissant une forte impression à ceux qui l’entourent.
Le 21 juin 1945, sa dépouille arrive à l’aéroport du Bourget. Le lendemain, il retourne à Avon. Il est inhumé le 26 juin 1945, dans le cimetière du couvent.
« Quel repos pour l’homme de se savoir porté par les mains divines ! […] L’homme ne s’attribue qu’une seule valeur, la valeur que Dieu même reconnaît en lui, Dieu qu’aucune apparence, qu’aucun mirage, qu’aucun masque ne peut tromper ! »
(Sermon pour un Triduum 1929
à l’Église Sainte-Jeanne-d’Arc de Sanvic)
