A segunda etapa surpreende Padre Jacques em sua vida de carmelita e educador em Avon, quando é chamado a prestar serviço militar durante a “Guerra estranha”. É mobilizado no leste da França, de 3 de setembro de 1939 a junho de 1940, depois feito prisioneiro em Lunéville de junho de 1940 a 18 de novembro de 1940. A atitude de Padre Jacques é uma réplica e um aprofundamento daquela que já tivera em Montlignon. Ela é preliminar de uma outra, bem mais cruel agora. A guerra sempre importuna. Mas ele a integra como processo de maturação e a acolhe, encontrando nela uma espécie de aventura, onde se sente chamado a dar o melhor de si mesmo.
Faz experiência tanto da miséria quanto da grandeza do homem. A guerra é, para Padre Jacques, uma grande experiência humana junto aos homens com os quais partilha a vida, o sofrimento, a esperança. Tem para eles um coração de mãe. É verdadeiramente um deles. Com seu senso pedagógico, consegue fazer da bateria militar uma grande família. Luta contra a decadência moral causada pela inatividade. Mobiliza o espírito de grupo de seus camaradas, editando com eles um jornal para a bateria, chamado Central-Ecoute. Ele mesmo escreve os editoriais e uma série de artigos concernentes à maneira de viver a guerra como homens. Há também as vigílias, as conversas familiares difundidas como ondas, as reuniões tratando de teologia, de sociologia e espiritualidade, as missas celebradas nessa paróquia improvisada. Por sua própria iniciativa, utiliza o tempo para ler e nutrir sua vida espiritual, navegando na oração silenciosa e soltando-se na beleza da natureza, apesar do rigor do inverno.
De volta ao Petit-Collège de Avon em novembro de 1940, Padre Jacques retoma seu trabalho de educador. Se o diretor de antes da guerra pôde ter como leitmotiv pedagógico “Confiança e Liberdade”, aquele de após 1940 prefere dizer “Cultura e Vontade”.
De imediato, rejeita os acordos de Munich, que violentam os direitos do povo da Checoslováquia, e adota uma posição de resistência espiritual diante dos princípios nazistas, baseados em fundamentos filosóficos neo-pagãos, bem antes de entrar na Resistência francesa organizada, com o consentimento de seu superior. Os fatos reais estão ali e é-lhe difícil admitir a zona ocupada desde maio de 1942, o porte obrigatório da estrela amarela (que priva do direito à vida todos os homens, mulheres e crianças que contem três ascendentes de origem judia) e o envio de jovens ao STO.
O que lhe é intolerável é a injustiça sob todas as formas, quer ela se exprima pela proibição de um aluno partilhar suas provisões pessoais com um camarada ou traduza-se em discriminações oficiais da parte das autoridades. Para Padre Jacques, trata-se de moral bem mais que de visão política. Durante meses, busca e encontra esconderijos nas famílias para jovens procurados pelos alemães. Durante meses empenha-se em munir de falsos papéis a numerosos refratários ao trabalho obrigatório na Alemanha. Durante meses fornece pistas, levando às montanhas ou albergues da Espanha aqueles que o regime quer prender. O reflexo mais visível dessa ação subterrânea de resistência à ideologia nazista é a hospedagem de três meninos judeus no Petit-Collège de Avon durante o ano escolar de 1942-1943. Com toda lucidez, sabe do perigo que corre e tem o consentimento de seu Provincial, Padre Philippe.
A jornada de 15 de janeiro de 1944 começa na calma rotineira de uma jornada de colégio, quando ruídos de botas nos corredores dão o alerta. Policiais nazistas, munidos de um mapa do local, do nome das crianças e do horário exato, chegam com força e fecham o Collège. Eles sabem exatamente o que devem fazer. Vão diretamente às salas onde se encontram os três meninos judeus. O próprio Padre Jacques é detido no meio da aula de francês para os alunos maiores. As crianças com os professores são agrupados no pátio, por uma interminável convocação. Os alemães estão por toda parte, o colégio está lacrado.
Os três pequenos judeus, aterrorizados, encurralados pelos nazistas, deixam o colégio e morrem algumas semanas mais tarde na câmara de gás de Auschwitz. Quando Padre Jacques aparece no alto da escada entre dois homens da Gestapo, uma boina castanha sobre a cabeça, uma mala na mão, calmo, sereno e sorridente, olha as crianças, para no alto da escadaria e lhes grita: “Adeus, crianças, até logo! Continuai sem mim!”